يقوم الأخوان بأداء الأسلوب الكيميائي المحظور لتحويل الإنسان في محاولة لإحياءها عندما تموت تريشا من الطاعون. نتيجة لذلك ، يأتي التحول بنتائج عكسية وفي القانون مع تبادل متساوٍ ، تم تدمير الساق اليسرى وجسد ألفونس بالكامل لإدوارد. يفقد إدوارد ذراعه اليمنى لإنقاذ روح ألفونس ، ويقيدها بختم دم في بدلة من الدروع. يدعو روي موستانج إدوارد ليصبح وسيلة لاستعادة جسد ألفونس ليتم بحثه بواسطة كيميائي الولاية. انتصر إدوارد ، وأصبح الاسم وفقًا لأطرافه الاصطناعية ، الخيميائي Fullmetal.
بعد ثلاث سنوات ، بحث Elrics عن حجر الفيلسوف الأسطوري لتحقيق أهدافهم. يرسل ماركو ملاحظاته ليجدها ، لكنهم يتعلمون أن العامل الأساسي لجعل الحجر حقًا هو التضحيات البشرية. يواصل مايس هيوز ، رفيق موستانج ، أبحاثه ، لكنه قتل بالرصاص بحسد مقنع لإيجاده استراتيجيات Homunculi.
عند رؤيتها مع إيزومي ، تتعلم Elrics أن التحول البشري قد ارتكبت على طفلها المولود ميتًا. يلتقط Homunculus Greed ألفونس ، ولكن يتم إنقاذه من قبل الملك برادلي ، رئيس Amestris ، والذي يظهر أنه يعمل بمثابة homunculus Wrath. وهكذا يذوب الجشع ويعاد امتصاصه داخل المنشئ والد Homunculi. يعود Winry و Elrics إلى Central City للذهاب مع Hughes لكنهم يعلمون بوفاته. تم تأطير الملازم ماريا روس لقتل هيوز ، لكن يبدو أنه قتل على يد موستانج. ومع ذلك ، علم إدوارد أن رحيل روس قد تم التخطيط له بحيث يمكن أن يتم تهريبها بواسطة موستانج من الولايات المتحدة إلى شينغ ، بمساعدة أمير شينغيز لينغ ياو. تم لم شمل هوهنهايم من قبل إدوارد لكنه يحتقره بسبب غيابه الطويل في الإقامة.
مع تقدم السرد ، واجه الأنصار Homunculi بشكل متكرر. موستانج يقتل الشهوة ؛ يلتقط موستانج ولينج الشراهة ، ولكن ينتهي به الأمر بأكل الحسد في بطنه الفارغ ، وإدوارد ، مثل بطن لينغ. يأخذ Gluttony ألفونس لمقابلة الأب ، لكن لينغ يتحول مباشرة إلى homunculus ، على وجه التحديد أحدث تجسيد لجريد ، عندما يهرب الآخرون من بطن الشراهة. تم إطلاق سراح Elrics لمواصلة سعيهم بشرط ألا يعارض الأب منهم.
عند تحديد موقع نفق تحت الأرض أسفل بريجز ، قام الجنرال أوليفييه أرمسترونج بإيجاد الأب وإليريكس بإنشاء مجموعة تحويل وطنية وتعتزم منح مواطنيها حتى يتمكن من الصعود إلى الألوهية. يتعافى جريد يخون الأب وذكرياته السابقة ، ويتعاون مع بعد ، وإدوارد ، أتباع الوهم من Kimblee Hohenheim. يكشف هوهنهايم لأبنائه بشكل فردي أنه ليس بشريًا ، وقد تحول إلى حجر فيلسوف حي من قبل الأب قبل أربعمائة عام.
يأتي يوم الوعد ويستعد الأب لبدء استراتيجيته بعد الكسوف وأولئك الذين حاولوا تحويل الإنسان كتضحياته الضرورية. يتعارض الأبطال المختلفون مع أتباع الأب ، مع انتهاء صلاحية كل Homunculi. بعد موستانج قسري ، بالإضافة إلى Elrics ، Izumi ، Hohenheim يتم جمعها حيث أن الأسباب ينشط الأب التحول الوطني. ومع ذلك ، يقوم Scar و Hohenheim بتنشيط Amestrians ليتم إنقاذهم من خلال التدابير المضادة. يتم تدمير الجشع من قبل الأب ، على الرغم من أن الأب يواجه فوق الأرض حيث يقاتله الأبطال لإفساد حجر الفيلسوف الخاص به.
ألفونس ، الذي دمر درعه تقريبًا خلال الصراع الأخير ضد الأب ، يعطي روحه لاستعادة الذراع اليمنى ، التي بدورها تدمر حجر الأب ، وترسله إلى بوابة الحقيقة الأثيرية لإدوارد. يفقد إدوارد قدرته على القيام بالكيمياء لاستعادة الروح وجسد ألفونس. يرى هوهنهايم القبر حيث مات وهو يبتسم ابتسامة تريشا.
